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La Palazzina di Marfisa d'Este è un palazzo storico di Ferrara, tra i migliori esempi cittadini di residenza signorile del XVI secolo.
Venne costruita a partire dal 1559. Faceva parte di un vasto complesso di edifici entro un'area adibita in parte a giardini. Questo complesso era di proprietà di Francesco d'Este e passò in eredità alla figlia Marfisa, sposata prima con Alfonsino d'Este e poi con Alderano Cybo-
Marfisa abitò qui fino alla sua morte, rifiutandosi di lasciare Ferrara anche dopo la devoluzione della città allo Stato Pontificio, quando la sua famiglia si trasferì a Modena.
Alla scomparsa di Marfisa la palazzina divenne sede dell'amministrazione Cybo fino alla metà del sec. XVIII; da allora cominciò un lento degrado dell'immobile, destinato per un secolo e mezzo a usi impropri.
Tra il 1910 e il 1915 la palazzina venne restaurata per assumere dal 1938 la funzione di Museo.
L'interno è decorato da affreschi sui soffitti, in parte rifatti nel restauro del XX secolo, ed appartengono alla bottega del Filippi. Soprattutto le grottesche sono di notevole inventiva e raffinatezza. Il mobilio risale al XVI e XVII secolo ed è in parte ferrarese, in parte proveniente da acquisti sul mercato antiquario.
Sala delle Imprese (o Sala Rossa), con uno splendido soffitto del Bastianino che contiene, fra le altre figure, molte imprese di Francesco d'Este. Sono qui conservate alcune opere di notevole interesse: il presunto Ritratto di Marfisa d'Este, copia di un originale conservato a Mantova, il busto marmoreo di Ercole I d'Este, opera di Sperandio Savelli e l'altorilievo Madonna in trono con San Giorgio e guerriero orante della bottega dei Lombardi.
Loggetta dei Ritratti: anticamente aperto verso il giardino, questo ambiente è dominato da un'elegante decorazione a grottesche, nella quale sono inclusi due ovali con i ritratti delle figlie di Francesco d'Este, Marfisa e Bradamante d'Este, ancora bambine.
Sala di Fetonte: una parete è occupata da un elegante lavabo in pietra scolpita del Cinquecento; su di un'altra parete si trova il Ritratto di Margherita Gonzaga, ultima duchessa di Ferrara e buona amica di Marfisa.
Sala dei Banchetti: presenta l'arredamento tipico di una sala da pranzo. Sulle pareti si trovano scene di una Battaglia delle Amazzoni entro sontuose cornici alla sansovina intagliate e dorate. Il soffitto è il più complesso dell'intera palazzina, con vari scomparti divisi da motivi vegetali e contenenti le imprese di Francesco d'Este e scene delle Metamorfosi di Ovidio.
Studiolo: arredato con importanti mobili dei secoli XVI e XVII; sopra la porta d'ingresso si trova il Ritratto di Alfonso I d'Este.
Sala Grande: l'elegante soffitto culmina al centro con un padiglione sostenuto da putti. Alle pareti due grandi credenze da sacrestia del XVII secolo.
Sala del Camino: dominata da un camino monumentale del XVI secolo, di ambito dei Lombardi. Sulle pareti si notano un pregevole Ritratto di gentiluomo della fine del XVI sec. e l'arazzo fiammingo Giuditta decapita Oloferne, del sec. XVII. Fra i mobili, notevoli il cassone veneto in noce lumeggiato in oro e soprattutto uno stipo toscano del Cinquecento a forma di studiolo, con cassettini e piccole sculture. Su una credenza si trova il busto classico dell'imperatore Lucio Vero fanciullo.
Attraverso ciò che resta del grande giardino, si raggiunge la loggia affrescata a finto pergolato, anticamente usata come sede di concerti e piccoli spettacoli. Sembra che proprio qui sia stata rappresentata per la prima volta l'Aminta di Torquato Tasso.